دشمن نادیدنی در این فیلم جنگی داستان نیک (لئو کاریلو) را روایت می‌کند، مدیر پرشور یک کافه در بندر سان فرانسیسکو. برای تأمین هزینه‌های ورود دخترش جن (آیرین هرووی) به جامعه، نیک خدماتش را به یک باند جاسوسان خارجی می‌فروشد که از کافه نیک به عنوان نقطه ملاقات استفاده می‌کنند. برنامه این است که به طور مخفیانه یک کشتی ژاپنی را برای حمله و نابودی کشتی‌های تجاری آمریکایی ارسال کنند. کد مخفی جاسوسان در متن آهنگی به نام "لیدیا" پنهان شده است که جن ناخواسته هر روز به درخواست آنها آن را اجرا می‌کند.